ประเทศมาเลเซีย ปัจจุบันไม่ค่อยมีหลักฐานแสดงความยิ่งใหญ่ในอดีตเหมือนประเทศอื่นๆในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้
อย่างที่ กัมพูชามีเมืองพระนคร อินโดนีเซีย มี โบโรบูตูร์
หลักฐานทางโบราณคดีเก่าแก่ที่สุดที่พบได้แก่ กระโหลกศีรษะมนุษย์ ยุคดฮโมเซเปียน
ในถ้ำนียะห์ รัฐซาราวัก โรงเครื่องมือหินที่พบในโกตาตัมปัน รัฐเประ
หลักฐานดังกล่าวบ่งชี้ว่ามนุษย์ในยุคแรกเริ่มของบริเวณนี้เป็นนักล่าสัตว์
และผู้ปลูกเร่ร่อนของ ยุคหินกลาง
อาศัยอยู่ตามเพิงหินและถ้ำในภูเขาหินปูนของคาบสมุทร
ใช้เครื่องมือหินตัดบดและล่าสัตว์ป่า ราว 2,500 ปีก่อนคริสต์ศักราช มีกลุ่มคนยุคหินใหม่อพยพมาจากจีนตอนใต้เข้ามาสู่บริเวณนี้
และด้วยความที่มีเครื่องมือทันสมัยกว่า รู้จักวิธีเพาะปลูก
ในที่สุดจึงขับไล่พวกที่มาอยู่ก่อนเข้าไปในภูเขาและป่าชั้นในของแหลมมลายู
หลังจากนั้นราว 300 ปีก่อนคริสต์ศักราช ก็มีกลุ่มคนยุคเหล็กและยุคสำริด
ใช้ดลหะเป็นอาวุธ รู้จักค้าขาย ก็มาขับไล่พวกเดิมให้อยู่ในป่าลึกเข้าไปอีก
พวกที่มาใหม่นี้ต่อมากลายเป็นบรรพบุรุษโดยตรงของชาวมาเลเซียในปัจจุบัน
อย่างไรก็ตาม ด้วยหลักฐานทางประวัติศาสตร์ของมาเลเซียในยุคโบราณมีไม่มากนัก
นักประวัติศาสตร์จึงมักถือเอาช่วงเวลาที่ มะละกา ปรากฏตัวขึ้นเป็นศูนย์กลางการค้าที่สำคัญทางชายฝั่งคาบสมุทรมลายูเป็นจุดเริ่มต้นของประวัติศาสตร์มาเลเซีย